日本早稻田大学的真丸贺一经过研究后认为：日本年代最早的智人遗骨，是在冲绳县港川 (Minatogawa) 发现的距今约1万8千年的港川人。

据布朗的研究，港川人和山顶洞人一样，呈现出种族未分化之前的古老原初特征。据估计他们大约在3万年前来到日本。在漫长的末次冰期，由于海平面的下降，日本和大陆之间有陆地直接相连，所以他们与大陆的山顶洞人有种族上的亲缘关系。

这些日本列岛的土著居民具有发达的眉嵴、突起的鼻骨、低宽的眼眶、矮小的身材、多毛的脸颊和巽他型牙齿。

他们善于制陶，在1万2千年前就造出了几乎是世界上最早的陶器。因为这些陶器上独特的绳纹，他们被称为考古学上的“绳文人”(Jomon people)。在日本历史上，这个人群对应于虾夷人，或者中国古书上所称的东海外的“毛人国”。

由于全新世的温暖气候导致海平面上升，海水将日本列岛与大陆隔离开来，这一天然屏障延缓了后冰期外来人口的侵入，使得日本列岛上的种族替换过程大大晚于在大陆的过程。

直至约公元前300年，才有大规模的蒙古人种的人群越过海水屏障登陆日本，他们是日本史称的“弥生人”(Yayoi people)，弥生人逐渐扩散至整个列岛，成为现代日本人的主要血统来源。但这是一个缓慢的过程，直到8世纪，“毛人国”依然控制着本州岛三分之一的地区。

他们的使节曾经随倭使入唐朝贡，马端临《文献通考》中有如下记载：“虾夷，海岛中小国也。其使（使节）须长四尺，尤善弓矢”。但到了现代，这些土著则只在北海道保留了他们的后代--阿依努人。

阿依努人曾因为多须和深目的特征而被误认为与白种人有联系，但已被现代人类学和基因分析的结果证伪，其实与他们联系最密切的现代人群是澳大利亚土著人。这两者都很接近人类种族分化之前的“原初类型”，在体质特征上与山顶洞人有较大的一致性。

海洋迟滞了新兴的蒙古种人群向东亚边缘岛屿的扩张，使得东亚的土著居民在这里得以保留他们的纯粹面貌直至近代。但现在的阿依努人已经不同程度地与后来者发生混血，尤其俄罗斯库页岛的阿依努人看上去已经几乎与其他远东少数民族一样了。